Thông tin thêm: Danh sách trò chơi Nintendo 3DS và Danh sách trò chơi Nintendo 3DS bán chạy nhất

Các bản sao trò chơi bán lẻ được cung cấp trên các băng độc quyền gọi là Nintendo 3DS Game Cards, được đóng gói trong các hộp đựng với các hướng dẫn đơn giản. Ở châu Âu, các hộp có một hình tam giác ở góc dưới cùng của mặt chèn giấy. Hình tam giác được mã hóa màu để xác định vùng mà tiêu đề được dự định và ngôn ngữ bao gồm. Không giống như các máy chơi game Nintendo trước đây, hướng dẫn sử dụng phần mềm hoàn chỉnh được mã hóa thành kỹ thuật số thông qua Menu Home của hệ thống. Phần mềm do Nintendo phát hành và bởi một số bên thứ ba được đóng gói với các điểm Club Nintendo, có thể được đổi thành phần thưởng đặc biệt. Các trò chơi bán lẻ và chỉ tải xuống cũng có sẵn trong Nintendo eShop. Tất cả các máy chơi game Nintendo 3DS đều bị khóa khu vực (phần mềm được mua trong một khu vực chỉ có thể được phát trên phần cứng của khu vực đó).

Tổng cộng 335 triệu trò chơi Nintendo 3DS đã được bán trên toàn thế giới tính đến ngày 30 tháng 6 năm 2017, với 34 tựa game vượt mốc triệu đơn vị. Trò chơi thành công nhất, Mario Kart 7, đã bán được khoảng 18 triệu đơn vị trên toàn thế giới.

Những tựa trò chơi ra mắt

Nintendo 3DS ra mắt tại Nhật Bản với 8 trò chơi, ở Bắc Mỹ với 15 trò chơi và ở châu Âu với 14 trò chơi. Thêm ba mươi trò chơi đã được công bố để phát hành trong "launch window" của máy, ba tháng sau ngày ra mắt.

Thực tế ảo tăng cường

AR Games là một bản tổng hợp của một số trò chơi mini thực tế ảo và các công cụ đơn giản, được cài đặt sẵn trên mọi Nintendo 3DS, cùng với 6 thẻ giấy tương tác với một số trò chơi nhất định. Năm trong số sáu lá bài có hình một nhân vật trên đó, bao gồm Mario, Link, Kirby, Pikmin và Samus. Cái thứ sáu là một hộp dấu hỏi từ loạt Super Mario Bros. Nintendo cũng đã xuất bản các phiên bản có thể tải xuống của thẻ này với kích thước lớn hơn. Bằng cách quét các thẻ, đồ họa thời gian thực được chèn vào các cảnh quay trực tiếp. Cũng có thể chụp ảnh 3D các nhân vật Nintendo, sử dụng bất kỳ cho tất cả 6 Thẻ AR, cũng như Miis của họ.

Một số thẻ AR cũng tương thích với các trò chơi Nintendo 3DS khác bao gồm Nintendogs + Cats, Kid Icarus: Uprising, Pokédex 3D Pro, Freakyforms: Your Creations, Alive! và Tetris: Axis.

Face Raiders là một ứng dụng thực tế ảo khác được cài đặt sẵn trên mọi máy Nintendo 3DS. Để bắt đầu chơi, người dùng phải chụp ảnh khuôn mặt của mọi người. Những khuôn mặt này sau đó biến thành kẻ thù và tấn công người chơi, người chơi phải bắn chúng bằng con quay hồi chuyển của máy. Bối cảnh của trò chơi là góc nhìn của camera phía sau. Khi mọi người đi qua trong nền, trò chơi lấy hình ảnh từ khuôn mặt của họ, đồng thời thêm họ làm kẻ thù. Cũng có thể thu thập các khuôn mặt từ thư viện hình ảnh của máy, được tìm kiếm tự động cho các khuôn mặt.

Có những ứng dụng Nintendo 3DS khác sử dụng tương tự các khả năng AR, chẳng hạn như Photos with Mario, Photos with Animal Crossing, Pokémon Dream Radar và Spirit Camera: The Cursed Memoir.

Download Play

Download Play cho phép người dùng chơi các trò chơi nhiều người chơi với các máy Nintendo 3DS khác chỉ bằng một Thẻ trò chơi. Người chơi phải tụ họp các máy của họ trong phạm vi không dây (tối đa khoảng 65 feet) để tải xuống dữ liệu cần thiết từ máy chủ. Download Play trên Nintendo 3DS cũng tương thích ngược, có nghĩa là nó cũng hỗ trợ các trò chơi Nintendo DS. Không giống như Download Play trên Nintendo DS, dữ liệu trò chơi, một khi tải xuống máy khách, được lưu trên thẻ SD của máy, không còn yêu cầu tải xuống lại trong tương lai. Các trò chơi Nintendo 3DS chỉ có thể chuyển tối đa 32 MB dữ liệu sang các máy khác. Các hình thức khác của chế độ nhiều người chơi yêu cầu mỗi người chơi phải sở hữu phần mềm hiện đang được sử dụng.

Tương thích ngược

Xem thêm: Danh sách trò chơi Nintendo DS và Danh sách trò chơi và ứng dụng DSiWare

Ngoài phần mềm của riêng mình, Nintendo 3DS tương thích ngược với hầu hết các phần mềm Nintendo DS và Nintendo DSi. Giống như DSi, Nintendo 3DS không tương thích với phần mềm DS yêu cầu sử dụng cổng Game Boy Advance. Phần mềm Nintendo DS và DSi không thể được phát bằng hình ảnh 3D trên 3DS. Độ phân giải màn hình DS gốc được hiển thị theo kiểu tỷ lệ và kéo dài do độ phân giải của màn hình 3DS to hơn. Nếu người dùng nhấn giữ nút START hoặc SELECT khi khởi chạy phần mềm Nintendo DS, màn hình mô phỏng sẽ được hiển thị ở độ phân giải gốc của Nintendo DS, mặc dù nhỏ hơn, với viền đen. Trên Nintendo 3DS XL, phương pháp này mang lại kích thước tương tự như kích thước gốc của chúng (do kích thước màn hình lớn hơn của XL), không giống như trên các bản 3DS ban đầu, các trò chơi dường như bị thu nhỏ đi.

Virtual Console

Bài chính: Virtual Console

Virtual Console là dịch vụ cho phép chủ sở hữu Nintendo 3DS tải xuống và chơi các trò chơi ban đầu được phát hành cho Game Boy, Game Boy Color, Sega Game Gear, Nintendo Entertainment System và dành riêng cho các máy New Nintendo 3DS, Super Nintendo Entertainment System. Các trò chơi trên Virtual Console được phân phối qua Internet băng thông rộng trên Nintendo eShop và được lưu vào thẻ SD có thể tháo rời. Sau khi tải xuống, các trò chơi Virtual Console có thể được truy cập từ Menu Home dưới dạng các ứng dụng riêng lẻ. Dịch vụ được ra mắt vào ngày 6 tháng 6 tại Bắc Mỹ và ngày 7 tháng 6 năm 2011 tại Nhật Bản và Châu Âu như là một phần của bản cập nhật hệ thống.

Nintendo và Sega cũng ra mắt loạt 3D Classics, một lựa chọn các trò chơi retro nâng cao cho Nintendo 3DS có đồ họa lập thể được cập nhật.

Sử dụng không phải để chơi game

Bảo tàng Louvre ở Paris ký hợp đồng với Nintendo để tạo ra một chương trình hướng dẫn khách truy cập nghe nhìn dựa trên 3DS. Hướng dẫn chứa hơn 30 giờ âm thanh và hơn 1.000 bức ảnh nghệ thuật và cả bảo tàng, bao gồm chế độ xem 3D và cũng cung cấp điều hướng nhờ các máy phát GPS được cài đặt trong bảo tàng. 3DS XL được tải sẵn hướng dẫn có sẵn để cho thuê tại bảo tàng và phần mềm cũng có thể được mua từ Nintendo eShop. Không giống như hầu hết các tựa trỏ chơi 3DS, hướng dẫn không bị khóa khu vực.